Agios Ioannis ist ein Ort im Süden der griechischen Insel Kreta, 700 Meter südlich des Ausgrabungsgeländes von Phaistos. Das Dorf befindet sich auf dem Gelände der Unterstadt der antiken Metropole. Es gehört als Teil der Ortsgemeinschaft Kamilari zum Gemeindebezirk Tymbaki in der Gemeinde Festos.